A gyöngy létrejötte nagyon hasonlít ahhoz, ahogyan a hámszövet a kagyló héját elkészíti. Számos helyen olvashatjuk, iskolában tanuljuk, hogy egy homokszem bejut a kagylóba, azt izgatja, mely védekező funkcióként egy anyagot kiválasztva a homokszemecskét bebugyolálja, ezzel kész is a gyöngy. Ha ez ilyen egyszerű lenne. Nos, ebből csupán a homokszem nem igaz, a többi igen.
Annak érdekében, hogy megértsük a gyöngy, pontosabban az igazgyöngy létrejöttét, fontos megismernünk a kagylóhéj létrejöttének mechanizmusát. Magyarázatként nézzünk meg egy, a Pinctada fajhoz tartozó kagylót.
Az alábbi stilizált rajzon a kagylóhéj és az azt létrehozó köpenyt látjuk. Ez a köpeny körbeveszi a kagyló belső szerveit. A külső rétegének (4) hámsejtjei, un. epithel-sejtek (a továbbiakban hámszövet) gondoskodnak a többrétegű kagylóhéj létrehozásáról olyan módon, hogy a vízből kalcium-karbonátot és egy szerves proteines vegyületet, konkint kiválasztanak és ezekből mesteri módon két védőburkot (a kagyló két héját) készítenek. A köpeny belső rétege (6) élettani funkciókat lát el, míg a két réteg között egy nagyon rugalmas izomréteg (5) található. A kagyló külső rétege egy konkinból álló vékony héjhártya (1), majd következik egy vastagabb réteg, amely a kagyló síkjára merőlegesen elhelyezkedő hatszögletű kalcium-karbonát oszlopokból (prizmákból) áll (2), az oszlopokat szintén a szerves vegyület, a konkin köti össze, akárcsak a habarcs a téglákat. A belső réteg (elsősorban az édesvízi Hyriopsis, Megalonais, Clistaria és sósvízi Pinctada fajok esetében) pedig a gyöngyházréteg (3). Ezek vékony, egymást átfedő, szabálytalan kalcium-karbonát lapocskák, melyek összekötését szintén a szerves konkin látja el.
Az egyes rétegek vastagsága a kagyló fajtájától függ, legvastagabb a Pinctada maxima és Pinctada margaritifera esetében. Nem véletlen, hogy az 1850-es évektől ez külön iparágat látott el: ezer-tonna számra szállították az európai üzemekbe főleg a P. maximát Észak-Nyugat-Ausztráliából, hogy különféle használati tárgyat, díszítőelemet készítsenek. Ha véletlenül valamelyikben gyöngyöt is találtak, az csak hab volt a tortán. A műanyagok elterjedésével a kagylóhalászat megszűnt. Amikor gyöngyhalászatról hallunk, az elsősorban a Perzsa-öbölben és a távol-keleti tengerek vizeiben található kagylókban ritkán talált gyöngyökre vonatkozik. Ausztráliában és Francia Polinéziához tartozó Tuamotu és Gambier szigetcsoportjainak korallzátonyain tovább folyt a gyöngyök keresése, mely tevékenységnek több millió kagyló esett áldozatul, az eredmény csupán néhány száz darab gyöngy volt.
A fentiekben megismertük a kagylóhéjat és az azt létrehozó köpenyt, de maradjunk a hámszövet kifejezésnél. Mint láttuk, a hámszövet külső (4) rétege látja el azt a bonyolult feladatot, hogy a vízből kalcium-karbonátot és egy szerves proteines vegyületet kiválaszt és ezeket egy kőművest megszégyenítő ügyességgel egy tökéletes falat (kagylóhéjat) épít. Képzeljünk el egy kis homokszemcsét, mely a naponta több száz liter vízzel együtt könnyedén bejut a kagylóba és azt izgatja. Csak éppen a hámszövet külső (4) rétege és a gyöngyház réteg közé nem tud bejutni. De hát akkor hogyan jöhet létre az igazgyöngy? Úgy, hogy egy kis parazita szépen befurakodott, amire a homokszemcse nem képes. A többi már ismert, ezt a kis parazitát nem látja szívesen a hámszövet, ezért gyorsan a kiválasztott proteines anyagból készít körülötte egy burkot (gyöngyzsáknak nevezzük) és a már ismert módon több száz vékony kalcium-karbonát réteggel körkörösen bevonja, azok „összeragasztáshoz” pedig a már többször említett proteines vegyületet használja. Ilyen módon egy hihetetlenül szívós anyag jön létre, ez az anyag pedig a gyöngy, azaz IGAZGYÖNGY. Ha nincs a kagylóba bejutó idegen anyag mellett egy kis hámszövet, sohasem képződik gyöngy.
Tekintsük át a kagyló többi főbb szerveinek funkcióját:
A kopoltyúk a vízből kivonják az oxigént és a véráramba továbbítják.
A záróizmok biztosítják a két kagylóhéj összezárását.
A gonad, azaz ivarmirigy az a hely, mely legalkalmasabb a nukleuszos beültetésre. A beültető ezt bemetszve, ide helyezi be a nukleuszt, valamint egy donorkagylóból kimetszett hámszövetdarabkát.
A kagylószakáll (vagy bisszusz-fonal) segítségével a kagyló stabilan képes magát a tengerfenéken lévő szilárd tárgyhoz rögzíteni.